Před několika lety se rodina klávesových nástrojů v ZUŠ F. Chopina rozrostla o varhany -  nástroj vpravdě královský. Varhany provázejí lidstvo již od starověku a svým majestátním zvukem zdobí ty nejslavnostnější chvíle lidského života.
Nový obor se vyučuje přímo v ZUŠ, kde je k dispozici digitální nástroj, a příležitostně také na mariánskolázeňských kůrech. Mladí varhaníci mají přímo v ZUŠ rezervovány cvičné hodiny a výsledky své práce každoročně prezentují v rámci pravidelných koncertů. Během výuky se žáci seznamují se specifiky varhanní techniky, s varhanní literaturou několika základních stylových období, s problematikou improvizace a s ohledem na funkci varhan také se základním repertoárem liturgie i civilních obřadů. Ke studiu varhanní hry se přijímají všichni zájemci, kteří absolvovali 4 ročníky hry na klavír.